Koronaviruksen sekvensointia pyritään laajentamaan koko Suomeen

Sekvensointitulos saadaan noin kolmessa päivässä. Toistaiseksi on tutkittu vain HUS-alueen näytteitä.

Koronaviruksen sekvensointia pyritään laajentamaan koko Suomeen Kuva 1 / 1 Kuva: Adobe/AOP

Suomessa pyritään laajentamaan koronavirusnäytteiden sekvensointia koko maasta kerättyihin positiivisiin koronanäytteisiin. Muutenkin sekvensointia aiotaan lisätä. Tavoitteena on löytää muuntuneet virusvariantit nopeasti.

– Keskustelemme THL:n, HUS:n ja muun muassa Molekyylilääketieteen instituutin kanssa, miten sekvensointia saadaan tehostettua, kertoo zoonoosivirologian professori Olli Vapalahti Helsingin yliopistosta.

Helsingin yliopisto on yhteistyössä HUSLABin kanssa sekvensoinut HUS-alueen koronavirusnäytteitä keväästä alkaen. Lähiaikoina tulee täyteen 2 000 sekvensoidun näytteen raja. HUSLAB tekee myös kaikki Helsinki-Vantaan lentoaseman koronatestit.

Muun Suomen alueelta kerätyistä näytteistä sekvensointeja ei ole tähän mennessä tehty.

– Keväällä koronatapaukset keskittyivät HUS-alueelle ja siinä mielessä seula oli aika kattava, mutta nyt kuva on muuttunut, Vapalahti sanoo.

Paine tehdä sekvensointeja enemmän ja nopeammin on kasvanut. Myös Euroopan tartuntatautivirasto ECDC patistaa jäsenmaita siihen.

– Aiemmin koronaviruksen sekvensointeja on tehty akateemisena tutkimuksena, mutta nyt niistä on tulossa myös diagnostiikan ja käytännön epidemiologian jatke, Vapalahti sanoo.

Helsingin yliopiston virologian laboratoriossa sekvensointitulos saadaan noin kolmessa päivässä. Yhdessä ajossa sekvensointilaitteeseen mahtuu viitisenkymmentä näytettä, mutta ajoja ei voida tehdä päivittäin, vaan kolmisen kertaa viikossa.

– Isompia sekvensointilaitteita on muun muassa Molekyylilääketieteen ja Biotekniikan instituuteissa, ja niitä on hyödynnettykin, Vapalahti kertoo.

Näissä toisaalta voi tulla viivettä, kun yksi ajo kerätään täyteen näytteitä.

17 tapausta brittimuunnosta löydetty

THL:n tiedotteen mukaan Suomessa on tähän mennessä todettu 49 muuntunutta koronavirustartuntaa.

– On tärkeää, että muunnoksista tulee mahdollisimman vähän tartuntaketjuja Suomeen ja että varianttimuodot pystytään havaitsemaan. Tarvitaan joko enemmän rajoituksia Suomessa tai tehokkaampaa torjuntaa rajoilla, mahdollisesti molempia, Vapalahti sanoo.

Hän muistuttaa, että variantteja voi olla muitakin ja niitä syntyy sitä helpommin, mitä enemmän virus kiertää väestössä. Synnyn takana voi olla tilanne, jossa immunosupressiopotilas erittää virusta pitkään ja se pääsee muuntumaan. Koronaa sairastavia immunosupressiopotilaita olisi Vapalahden mukaan hyvä seurata tarkemmin myös tästä näkökulmasta.

Anne Seppänen

Uutinen on julkaistu aiemmin Lääkärilehden verkkosivuilla. Juttuun on 13.1. kello 12.48 päivitetty muuntuneiden koronavirustartuntojen määrä.

Oletko jo lukenut nämä?